Auf einem Hügelsporn steht die Pfarrkirche burgähnlich weithin sichtbar zwischen Unter- und Oberdorf. Sie wurde in den Jahren 1699 – 1702 neu erbaut und am 4. September 1710 vom Konstanzer Weihbischof Konrad Ferdinand Leist neu geweiht. Mit Sicherheit wissen wir, dass es zwei Vorgängerbauten gab, nämlich des ersten nachweisbaren Baues im frühen Spätmittelalter um ca. 1400, was einzig durch Beobachtungen der Bautechnik abgestützt werden kann. Das Patrozinium Unserer Lieben Frau ist seit 1460 belegt. Am 25. August 1504 wurde der Nachfolgebau vom Konstanzer Weihbischof Balthasar Brennwald eingeweiht.
Die Gesamtrestauration der heutigen Kirche erfolgte in den Jahren 1991 – 1995 für 4,5 Millionen Franken. Eingeweiht wurde sie am 15. August 1995 durch Weihbischof Martin Gächter. Zur katholischen Kirchgemeinde Winikon gehören alle Katholiken und Katholikinnen der ehemaligen pol. Gemeinde Winikon und gemäss Beschluss des Regierungsrates von 1807 auch der Dagmerseller Lätten, der vorher zur Pfarrei Altishofen gehörte.
1527 gewährte Luzern der Gemeinde Winikon die Wiedererrichtung einer selbständigen Pfarrei und übertrug ihr die damit verbundene Aufgabe ein Pfarrhaus zu bauen. Die älteste Phase des aktuellen Dachstockes konnte im Verlaufe der letzten Gesamtrenovation 2017 – 2019 dendrologisch eindeutig datiert werden, nämlich Winter 1576/77. Auf Grund der Bedeutung als gewachsenes Baudenkmal, der kirchen- und politgeschichtlichen Bedeutung und der Bedeutung als Baustein des kirchlichen Ensembles, wurde das Pfarrhaus 2017 – 2019 für rund 2 Millionen Franken gesamthaft restauriert. Im Pfarrhaus befindet sich eine Wohnung, welche an eine Familie vermietet ist. Das Erdgeschoss wird von der Pfarrei als Sekretariat und Sitzungszimmer genutzt.
Zum kirchlichen Ensemble von Winikon gehört auch der Pfarrspycher, in welchem in alten Zeiten die Zehnten zwischengespeichert wurden. Besonders benutzt wurde er um 1750. Davon zeugen die Notizen an der Wand, teilweise mit Kreide oder mit Bleistift. Seit ca. 1985 dient er dem hist. Verein Winikon als Dorfmuseum.
Im Jahre 1973 wurde die alte, ganz aus Holz bestehende Pfarrscheune abgerissen und durch einen Mehrzweckbau ersetzt, welcher die gleichen Masse aufweist, wie die ehemalige Scheune. Im Neubau sind die Heizung für das Pfarrhaus, eine Leichenhalle mit Kühler sowie Toiletten und praktischen Räume für den Sakristan und den Totengräber eingebaut.
Das in den 1940er Jahren gebaute 3-Familienhaus, das sogenannte Pfrundhaus wurde im Jahre 2002 für rund Fr. 330'000.00 renoviert. Küchen, Toiletten und Duschen/Bäder erneuert und ein feuerfestes Treppenhaus angebaut sowie die Wohnzimmer mit einem Balkon versehen.
